Oprindelsen er usikker, fordi rødderne er meget gamle. Og da det er en folkelig udtryksform, findes der ingen dokumentation, som kan afklare tvivlen. 

Den store mangfoldighed af civilisationer, racer og kulturer, som har kendetegnet Andalusiens udvikling, har imidlertid bidraget med mange påvirkninger – nogle af dem så betydningsfulde, at de har haft en afgørende indflydelse på flamencoens udvikling, dens rytme og harmoni. 

De første skrevne ord om flamenco finder man i "Cartas Marruecas " af Cadalso, (1774).  I disse breve tilskriver forfatteren oprindelsen hos sigøjnerne, eller han mener i hvert fald, at det er hos dem, man finder flamencoens udtryksformer. Selvom dette kun er delvist sandt, er det sansynligt, fordi de ikke-europæiske rytmer, som flamencoen indeholder, meget ligner de komplekse, asiatiske rytmer, som stammer fra Indien, og det er ingen tilfældighed, at sigøjnerne oprindeligt kommer fra Indien. Ydermere er sigøjnerne det første folk, som har holdt flamencoen levende og har repræsenteret den med hengivenhed.

En anden stærk indflydelse på flamencoen er den arabiske, som man især finder i harmonierne. Flamenco-sangen indeholder stor lighed med de nordafrikanske, musikalske udtryksformer, som f.eks. den marokkanske musik. Guitar-spillet minder ofte ikke blot om nordafrikansk musik, men også om ægte afrikansk musik. Og den kvindelige dans, især hofte- og håndbevægelserne, minder meget om forskellige nordafrikanske danse. Alle disse påvirkninger, som er helt tydelige, kan ikke overraske, når man ved, at Andalusien i mange århundreder var under nordafrikansk, kulturel indflydelse.

Da der yderligere i Andalusien levede mange forskellige racer og folkeslag, kan man ikke se bort fra, at fjernere påvirkninger, som f.eks. de muntre, folkloristiske, jødiske rytmer og anden, ældre liturgisk musik har haft indflydelse på flamencoen, selvom man ikke kan sige det med sikkerhed. 

Uanset man i dag betragter flamenco-kunsten som en ren kunst - lige så blandet er den på samme tid. Den indeholder sui generis-elementer, som den ikke deler med nogen anden folklore, men samtidig nyder den helt klart godt af de mange påvirkninger, den har modtaget fra andre folkeslag, og som har medvirket til at berige den.

Hvis vi tager en hastig gennemgang af flamencoens udvikling, således som vi kender den i dag - dokumenteret og professionelt behandlet - må vi begynde i en meget yngre epoke, nemlig mellem 1765 og 1860. I denne periode kan vi sætte fokus på tre steder af betydning, som kom til at danne skole: Cádiz, Jerez de la Frontera, og bydelen Triana i Sevilla. Det er fra denne tid, at flamenco-dansen begynder at indtage sin plads mellem de spanske danse, som udvikles i akademierne. Flamenco danses regelmæssigt i patios, kroer og private saloner, når man holder fester.

I begyndelsen brugte man ikke guitar-akkompagnement til sangen, man sang uden akkompagnement overhovedet, man kaldte det a palo seco, man brugte kun klap i hænderne eller toque de palmas. Forskelige komponister, som f.eks. Julián Arcas, begyndte at komponere temaer med flamenco-musik og startede hermed en ny æra.

Mellem 1860 og 1910 indtræder man i en frugtbar periode, som man har kaldt La edad de oro del Flamenco (Flamencoens guldalder).  I denne periode blomster sangercafeerne, flamencoen udvikler alle sine facetter - den instrumentale, sangen og dansen - indtil man definitivt når det stade, man kalder for klassisk "jondo" (andalusisk folkesang). Dansen når en ikke tidligere set stråleglans. Den er det største aktiv for publikum på disse sangercafeer. Guitarspillet udvikles til et uundværligt komplement for sangen og dansen.

Mellem 1910 og 1955 er sangen karakteriseret af det, man senere har kaldt for ópera flamenca-etapen, hvor de lettere sange som fandangos og cantes de ida y vuelta (frem og tilbage - det er de sydamerikansk inspirerede sange, som blev bragt til Spanien af de flamenco-sangere, som emigrerede til Latinamerika) dominerede. 

Denne nye retning, som flamencoen havde taget, var ikke populær hos alle, og i 1922 skabte intellektuelle fra ”27-generationen”, Falla og andre kunstnere, i Granada, et seminar med den hensigt at finde nye værdier, der fremhævede den ægte ”cante jondo” (ægte andalusisk folkesang).

Fra 1915 opstår en periode, hvor flamenco af ypperste kvalitet opføres på teatre, hvorved den spanske dans og flamencoen præsenteres på alle verdens store scener.

El Renacimiento del flamenco (Flamencoens genfødsel) starter i 1955, Antonio Mairena var den førende skikkelse. Med strenghed i fortolkningen søgte han at udbrede den ortodokse, oprindelige flamenco-kunst.

I denne periode udvikler dansen sig i tablaos (flamenco-tribuner/scener), som er arvtagere til de tidligere sangercafeer. Denne epoke tæller virkeligt store danse-personligheder, som udfører deres kunst ikke kun i los tablaos, men også i teatre, på festivaler og på andre scener.

Guitar-spillet, som akkompagnerer sangen og dansen opnår en større rolle i helheden, musikken modnes.

Den aktuelle flamenco-musik er karakteriseret af blanding med anden musik som jazz, bossa nova, salsa og etniske toner af meget forskellig oprindelse.

På samme måde har dansen tilføjet nye elementer og eksperimenter, som kan være afgørende for fremtiden. I dette århundrede kan man konstatere, at den kvindelige dans i højere grad har måttet give plads for den mandlige. I tresserne ser man således legendariske dansere som Antonio el Bailarín eller Rafael de Córdoba, som revolutionerer den maskuline dans og hæver den til et absolut kunstnerisk højdepunkt.