De forskellige historiske perioder har efterladt sig spor i la Axarquía. Ikke alle civilisationer har haft samme indflydelse på området som helhed, men kun på bestemte områder. På la Axarquías jord har der været præhistoriske bosættelser. Der er udgravninger fra den ældre stenalder i området. I den vestlige ende finder vi la Cueva del Higuerón, eller Cueva del Tesoro - i la Cala del Moral - Cueva de la Victoria, Cueva Navarro og Hoya de la Mina. I  den nordlige del er der udgravninger ved floden río Guaro, Zafarraya-passet og Conejeras-passet. Endelig er Cueva de Nerja det mest betydningsfulde, arkæologiske fund fra perioden på grund af stenristninger og andre fund.

Cueva del Tesoro t.v. og Cueva de Nerja th.

Fra den yngre stenalder (8000 - 4000 f.K.) har man gjort fund i de allerede nævnte udgravninger i Rincón de la Victoria og i Cueva de Nerja.

Fra kobber-, bronze- og jernalderen (4000 - 1000 f.K.) har man gjort betydningsfulde fund i Alcaucín, Periana og la Viñuela.

Historien, som vi kender den idag, begynder i området med fønikernes, grækernes, kartagensernes og romernes koloniseringer. De første fønikiske fabrikker blev installeret omkring år 1000 f.K. Det var forretningsmæssige aktiviteter. Især fremstillede man saltede varer. Man har gjort betydningsfulde fund i flodmundingen af río Vélez - Toscanos, Alarcón og Jardín - og i Algarrobo, Mezquitilla, Chorreras og Trayamar. Den fønikiske kirkegård i Trayamar betragtes som et af de vigtigste fund i Vesten.

Beliggenheden af den kendte, græske by, Mainaké, er endnu ikke fastslået med sikkerhed, men man mener, at den lå på la Axarquías kyst, f.eks. ved Almayate. Det antages, at  kartagenserne, som koloniserede området i midten af det sidste årtusinde f.K., destruerede den græske by.

Den romerske kolonisering af la Axarquías kyster begyndte i 214 f. K. Efter hårde kampe mod kartagenserne bosatte de sig i området og udøvede deres civilisation til V årh. e.K. Den førende romerske bosættelse i la Axarquía var Clávicum i Torrox Costa, hvor man har fundet varme bade, en kirkegård og en landsby. I Maro er der rester af en romersk hærvej og en landsby, hhv. Cástulo Malaca og Detunda.

Ruiner af Clávicum ved Torrox Costa

I den fønikiske udgravning ved Toscanos (Vélez-Málaga) har man opdaget en senere tilstedeværelse af romerne, som kaldte byen Menoba. I det indre af la Axarquía har man kun fundet få romerske rester.

Indtil år 929, hvor kalifatet i Córdoba oprettedes, gennemlevede man i la Axarquía perioder med store konflikter og med krigeriske episoder, hvor fæstningsanlæggene i Comares, Zalía (ved Alcaucín) og Bentomiz (ved Arenas) spillede en stor rolle. Det var ikke en periode med stor islamisering af befolkningen, idet der stadig var flertal af kristne, kendt som mozárabes, i la Axarquía. Denne befolkningsgruppe dannede grundlag for opstanden, som Omar ben Hafsun stod i spidsen for i slutningen af IX årh., og hvor Comares og Santopítar spillede en betydelig rolle. Dette oprør blev kvalt af Abderrahman III, kalifatets skaber.

Under kalifatet, X årh., oplevede la Axarqia en økonomisk fremgang på grund af indførelsen af nye kulturplanter og udvikling af fiskeri og handel.

Århundrederne XI og XII betød en nedgang for la Axarquía. Magten i al-Andalus blev delt op i små, selvstændige riger, Taifas, kun afbrudt af invasioner fra Nordafrika af los Almorávides og los Almohades, nordafrikanske folkeslag, som invaderede Spanien dels til støtte for de derboende muslimer mod de kristne og dels af egne interesser. Det var en urolig periode med krige og økonomiske kriser, hvor de tre fæstninger i la Axarquía måtte deltage i mange træfninger. Fra slutningen af denne periode har man bevaret mange minaret-tårne i landsbyerne på Mudéjar-ruten (Arenas, Árchez, Salares, Sedella og Canillas de Aceituno).

Det sidste kapitel af den islamiske dominans udgjordes af perioden under Kongeriget Granada fra 1238 til 1487. I første omgang prøvede Comares at kæmpe for selvstændighed, idet man gjorde oprør mod den granadinske konge, men oprøret blev kvalt. I hele denne periode udøvede de kristne hære et betydeligt tryk, hvorfor maurerne opførte yderligere en række befæstede tårne og borge (som ved Vélez og Iznate) tæt ved kysten til støtte for de tre allerede eksisterende. Disse udgjorde tilsammen la Axarquías forsvarsværker. Til trods for det kristne tryk var der stor velstand i la Axarquía i disse to et halvt århundreder. Man eksporterede mange varer: Silke, safran, rosiner, vin, sukker, olivenolie og håndværksprodukter. Befolkningstallet i Vélez steg i denne periode til ca. 5000 indbyggere.

Den endelige erobring af Kongeriget Granada blev gennemført af Det Katolske Kongepar, Ferdinand og Isabella. Efter flere forgæves forsøg på at erobre la Axarquía i 1483 erobrede de den vestlige del af Málaga provins i 1485. I 1487 overgav Vélez-Málaga og hele la Axarquía sig. Fire måneder efter faldt provinshovedstaden, Málaga. Kongeriget Granada ophørte med at eksistere med erobringen af Granada i januar 1492.

Størsteparten af la Axarquías befolkning kunne beholde deres jord og ejendom. De blev kaldt  mudéjares. I begyndelsen respekterede man deres skikke og religion. Men det ændrede sig hurtigt. Allerede i 1504 fik maurerne valget mellem konvertering til kristendommen eller landsforvisning. De fleste konverterede og blev moriscos.

Det var en periode med intens omvendelse til kristendommen. Derfor er hovedparten af kirkerne i området fra XVI årh. Næsten alle er bygget over tidligere moskéer, på mange har man bevaret minaret-tårnene, men forandret til klokketårne.

Moriscoernes situation blev værre i løbet af XVI årh., især under Felipe IIs regering. I 1569 gjorde den arabiske befolkning oprør i la Alpujarra, Granada provins, og i la Axarquía. I mange landsbyer udkæmpedes bataljer. Det afgørende slag i la Axarquía stod i Frigiliana om "el Peñon de Frigiliana", klippefæstningen øverst oppe i Frigiliana. Efter moriscoernes endelige nederlag dekreterede man i 1606 total landsforvisning af hele denne befolkningsgruppe. La Axarquía måtte genbefolkes fra Castilien. Man nåede aldrig det samme befolkningstal som under araberne.

I det XVI årh. begyndte den kristne påvirkning af la Axarquías bygninger med renæssance-, barok- og nyklassiske stilarter. Dette fortsatte i XVII og XVIII årh. Det usædvanlige var, at bygmestrene, af morisco-oprindelse, brugte deres arabiske erfaringer i de kristne bygninger, hvilket har bevirket, at man til den anvendte stilart føjer udtrykket: Mudéjar (f.eks. barok-mudéjar eller gotisk-mudéjar). Således beskriver man sammensmeltningen af begge stilarter. Der er mange beviser på denne kunstneriske sammensmeltning i flere af la Axarquías landsbyer.

Det XVIII årh. betød en vis lettelse af det økonomiske tryk for la Axarquía, især på grund af udbredelsen af vinplante- og sukkerrørsdyrkning. Her kan påpeges Macharaviayas store fremgang med familien Gálvez som hovedperson. Denne økonomiske fremgangsperiode sluttede med vinpesten i slutningen af XIX årh., som ramte størsteparten af vindyrkerne i området. Også Uafhængighedskrigen og landevejsrøveriet (el bandolerismo), begge fra XIX årh., satte sig spor i la Axarquía.

Fra tresserne (XX årh.) oplever la Axarquía nye gode tider i sin omfattende historie på grund af turismen og genopbygningen af områdets landbrug. Især i de sidste år af det XX årh. har man udbygget og forbedret infrastrukturen i la Axarquía, hvilket har bevirket et byggeboom i området, især i byerne ved kysten.

La Axarquía er på vej ud af den økonomiske krise takket være turismen. Denne har allerede skabt ry om byer som Nerja og Torre del Mar. Hovedstaden, Vélez-Málaga, er en af de mest betydningsfulde byer i Málaga provins. Hele den østlige del af Costa del Sol hører til la Axarquía.